財政法第13条2項によって、「国が特定の事業を行う場合、特定の資金を保有してその運用を行う場合、その他特定の歳入をもって特定の歳出に充て、一般の歳入歳出と区分して経理する必要がある場合」に限って設置が認められている会計。2006年度までに、事業特別会計25、資産運用特別会計2、その他4の計31の特別会計があったが、行政改革の一環として07年4月に施行された特別会計に関する法律に基づいて、順次廃止・統合され、10年度末には17に整理された。野田佳彦内閣は12年1月24日の閣議で、特別会計を15年度末までに現行の17会計から11に統廃合する基本方針を決定した。すなわち、公共事業関連経費を管理する社会資本整備事業と国有林野事業を12年度に廃止、森林保険特会を14年度中に廃止、貿易保険特会は15年度末までに廃止した上で新法人「日本貿易保険」へ移管、などである。なお、特別会計は必ずしも財政法の規定に従う必要がないため、特別会計ごとに会計方式が異なり、歳入と歳出が一致しない可能性もある。