東日本大震災からの復興にかかわる国の資金の流れを透明化させ、復興債の償還を適切に管理するため復興特別会計が新たに設けられた。政府の2012年度予算案における東日本大震災復興特別会計（仮称）の歳出総額は3兆7754億円である。このうち復興事業関係費は、インフラ復旧、放射性物質の除染、復興交付金や復興特別交付税など合計3兆2500億円が計上された。政府は12年度予算案と併せて、特別会計法改正案を通常国会に提出する。復興事業関係費の主な内訳は、東日本大震災復興経費3兆2500億円であり、それ以外に国債整理基金特会への繰り入れ1253億円、東日本大震災復興予備費4000億円が計上されている。歳入については、復興特別税5305億円（うち法人税4810億円、所得税495億円）、一般会計からの繰り入れ5507億円、税外収入118億円、復興債2兆6823億円となっている。