銀行の現金自動預入払出機（ATM）の操作や預金振替などを処理するためのコンピューターシステムに障害を生じること。銀行システムの大型化・複雑化に加えて、メガ・マージャーに伴う旧銀行システム同士の統合問題もあって、システム障害が多発している。2002年4月には発足したばかりのみずほフィナンシャルグループで大規模な口座振替未完了が発生した。08年5月には三菱東京UFJ銀行のシステム統合に伴う大規模な入金トラブルが発生した。11年3月には再びみずほ銀行で大規模な口座振替の未処理残高積み上がりが発生し、日中のATM取引にも障害が広がった。預金を用いた決済は、銀行にとってもっとも基本的な業務であるだけに、決済機能を円滑に果たせないことは銀行にとってまさに致命的な問題である。11年5月に、みずほフィナンシャルグループは、傘下のみずほ銀行とみずほコーポレート銀行を2～3年後に統合すると発表、さらに、12年1月には、みずほ信託銀行を含めたシステム一本化を15年度末に行うと発表した。