小集団部門別採算制度に基礎を置いた、全員参加型の分権的経営システムのこと。アメーバ経営は企業組織を自律的小集団であるアメーバに細分化し、それらが相互に協調・競争することでリーダー育成と継続的な創意工夫を促すとともに、経営環境の変化に即応できる体制の構築を目指す。京セラの創業者である稲盛和夫氏が考案し、京セラで導入された。近年では、2010年に会社更生法を適用した日本航空にアメーバ経営が導入され、経営再建に一役買っている。12年に日本航空は東京証券取引所への再上場を果たしており、アメーバ経営に対する注目が高まっている。