国連海洋法条約の趣旨を踏まえた新たな漁業協定。1965年に締結された旧日韓漁業協定は、12カイリ以遠では、漁船が所属する国（旗国）が取締権限を有するという旗国主義となっていたため、日本の200カイリ水域内であるにもかかわらず、12カイリ以遠の水域では韓国の漁業者に対し、日本の規制が及ばないという問題があった。こうした問題の解決のために、96年以降、協定改定への協議が行われ、98年9月、基本合意に達し、99年1月22日に発効した。合意の主な内容は以下の通り。（1）両国の沿岸から35カイリおよび東経135度30分線で囲まれる暫定水域を設け、両国で漁業資源管理をする。（2）管理にあたっては、魚種別漁獲量などを決めるため、両国の専門家による漁業共同委員会を設置。（3）相手国の排他的経済水域内での操業を認めるが、漁獲割当量を制限。（4）取締権限を沿岸国がもつ沿岸国主義を採用する、など。