化学肥料や農薬に頼らずに堆肥（たいひ）や生物などを利用して健康で安全な農産物を栽培すること、またそのように栽培された農産物のこと。1999年のJAS法（農林物資の規格化および品質表示の適正化に関する法律）の改正によって厳密に定義され、登録認定機関による認証を経ないと、「有機」「オーガニック」などと表示できなくなった。有機JASマークを張るためには、有機JAS規格で定められた基準を満たし、オーガニック検査員による検査を受け、第三者機関である認定機関から有機認定を取得しなければならない。認定を希望する生産工程管理者、製造業者、小分け業者、輸入業者は、認定機関へ申請をし、書類審査、実地検査、判定を受ける。JASの登録認定機関は申請者が認定の技術的基準に基づいた生産活動を行っているか、作り方はJAS規格（日本農林規格）どおりの作り方を行っているかを判定する。畜産物、水産物、酒類、および繊維（オーガニック・コットン）などは、JASの有機認証制度の対象外とされる。また、加工食品とは非有機のものとの混入や薬品の汚染をさせない食品をさし、有機農産物を原料とするだけでなく、原料である有機の特殊性を維持したまま、製造工程においても食品添加物等は必要最低限のものに限られる。