総合規制改革会議の「中間とりまとめ」（2002年7月）で提起され、同年12月制定の「構造改革特別区域法」に基づき内閣主導で進められている規制改革の仕組み。地方公共団体からの申請を内閣が特区として認定した場合、諸法令の適用が除外される構造改革特区の教育版。上記会議の「規制改革の推進に関する第2次答申－経済活性化のために重点的に推進すべき規制改革－」（02年12月）によれば、その目的は(1)これまでの事前規制による全国一律の画一的な教育システムを変換し、消費者の多様な価値観、ニーズに応え得る豊富な教育サービスを提供しうる事後チェック型のシステムの構築を進めること、そのために学校設置主体の多様化を促進し、(2)消費者の選択肢の拡大と主体間の競争的環境を通じて質的向上を図ることにある。特例措置の例として、学校法人設立要件の緩和、小中高一貫教育校など新しいタイプの学校の設置、そのための教育課程の弾力化、市町村費負担教職員の任用、株式会社やNPOによる学校運営などが挙げられている。特に教育課程の弾力化は重大で、受験準備教育を重視した学校なども出現している。特例の容認にとどまらず、規制・制度の在り方に大きな影響を及ぼすだけに、責任ある検討と判断が問われている。