世界最高水準の研究教育機関づくりを目的に遠山プランで打ち出され、2002年度から始まった政策。当初トップ30と言われたが、その後21世紀COE（center of excellence　世界的研究教育拠点）プログラムとなった。大学院博士課程を置く国公私大の専攻を対象に、11分野で各25前後の研究教育活動の実績、大学の将来構想、研究プログラムの卓越性・実現可能性などを基準に選定し、原則5年間にわたり年間1億～5億円を助成する。02年度は生命科学、化学・材料科学、情報・電気・電子、人文科学、学際・複合・新領域の5分野で50大学113件、03年度は医学系、数学・物理学・地球科学、機械・土木・建築・その他工学、社会科学、学際・複合・新領域の5分野で56大学133件、04年度は革新的学術分野で24大学28件が採択された。各年度の初年度配分総額はそれぞれ約167億円、158億円、31億円、04年度の配分総額は365億円。02年度開始分の終了を踏まえ、07年度からは、「世界をリードする創造的な人材育成を図るため、国際的に卓越した教育研究拠点の形成を重点的に支援し、もって、国際競争力のある大学づくりを推進することを目的とする事業」としてグローバルCOEがスタートした。08年度採択は医学系14件、数学、物理学、地球科学14件、機械、土木、建築、その他工学14件、社会科学14件、学際・複合・新領域12件、合計68件で、予算額は340億円。09年度は、学際・複合・新領域のみとなり、9件が採択された。