国の業務をアウトソーシング（外部化）し、行政組織のスリム化を図るために、1980年代にイギリスで導入されたエージェンシー（民間と政府の中間的組織）をモデルとして、行政改革会議の提言を受け、公共性の見地からは必要だが国が主体となる必要のない業務を対象に独立行政法人化することになり、国立民族学博物館など82の機関を、2001年4月から法人化した。国立大学についても、文部科学省の調査検討会議最終報告「新しい『国立大学法人』像について」（02年3月）に基づき、03年7月に国立大学法人法等関係6法が成立し、04年度から法人化された。学長を中心にした執行部の権限拡大、役員・経営協議会への学外者の採用、第三者評価による競争原理の導入など、運営組織の大幅改革を行い、大学運営の効率化と透明性を確保し、教育研究水準の向上を図ることが目的。教職員は非公務員。