2006年に成立した医療制度改革法に盛り込まれた、都道府県単位の医療費適正化のための計画。医療費を引き上げる要因に着目して、生活習慣病予防や長期入院の是正など中長期的な医療費適正化対策を進めるため、地域の医療提供体制に責任を負う都道府県が国と協力して作成する。08年度から17年度にかけての第1期、第2期では平均在院日数の短縮、特定検診などの実施率の向上が柱で、平均在院日数はおおむね目標を達成したものの、特定検診の実施率などでは十分な成果が得られていなかった。18年度からの第3期は、6年を一期として実施され、取り組むべき目標に、特定検診などの実施率向上の他、糖尿病の重症化予防、後発医薬品の使用促進、医薬品の適正化が加えられた。その成果を織り込んで6年後の医療費が推計される。一方、入院医療費は、各都道府県の医療計画に基づいて進める病床機能の分化・連携の推進の成果を踏まえて推計されることになった。
毎年度、進捗状況を公表し、目標達成状況を分析し、6年間の実績評価を踏まえて24年度からの第4期の医療費適正化計画策定につなげることになる。