民間企業の従業員は健康保険に加入するが、健康保険を運営する経営主体には全国健康保険協会（2008年9月までは社会保険庁）と健康保険組合とがあり、それぞれ「協会管掌健康保険（協会けんぽ）」、「組合管掌健康保険」と呼ばれる。健康保険組合は、単一組合の場合、700人以上の被保険者がいる事業所が単独で、また、総合組合の場合、3000人以上の被保険者がいる複数の事業所が共同で設立し、事業主と被保険者で従業員と家族の健康保険を運営する。中小企業従業員等が対象の協会けんぽのように給付費に対する国庫負担はなく、財政事情が許せば付加給付を支給したり保険料率を独自に決めることができる。日本の医療保険制度の牽引車的役割を果たしてきたが、高齢者の医療費を支えるために拠出する負担金が増加するに伴い、健保組合を維持するメリットは薄れ、組合数は減少傾向にある（15年4月1403組合）。