2001～02年にかけて名古屋刑務所で起こった矯正職員の受刑者への暴行による死亡事件を契機として設置された行刑改革会議の提言に基づき受刑者に関する部分が改正され（05年法律50号）、次いで残りの部分が改正された監獄法の全面改正（06年法律58号）。受刑者の権利義務・職員の権限を法律上明確にし、懲罰の種類・内容、懲罰事由、手続きを法律に明記し、受刑者の人権侵害に対する救済を適切・迅速に図る不服申し立てや苦情申し立て制度を整備し、受刑者の改善更生・社会復帰のため、刑務作業以外の改善指導や教科指導義務化を行い、外部通勤作業・外出・外泊制度を導入し、面会・信書の授受などの外部交通を拡大し、国民に開かれた行刑の実現のための市民による刑事施設視察委員会が設置される。代用監獄（警察の留置場を被疑者の勾留〈こうりゅう〉場所に代用すること）は存続し、同趣旨の留置施設視察委員会が設置される。