2007年1月、不二家がシュークリームの原材料に消費期限の切れた牛乳を使用していたことや国の基準値を超える10倍の細菌数が検出されていたにもかかわらず、市場に洋菓子を出荷していた問題が判明。その後、同社の隠蔽体質（「発覚すれば雪印乳業の二の舞いになる」との社内レポートを作成）、ずさんな生産管理システム、不衛生な生産環境など次々と問題点が明らかになり、約2カ月半の生産・販売中止に追い込まれた。同社埼玉工場では、過去7年間に消費期限が切れた原材料を使用していたケースが18件あったと判明。同社が設定した洋菓子の製品回収基準は、一般細菌数が国の基準よりも10倍も緩く、誰がいつ、このような基準を設定したのかも不明。生産再開にあたり山崎製パンに技術指導を仰ぎ、同年3月23日生産・販売を再開した。