遺伝子組み換え食品は、2001年4月以降、食品衛生法で安全性審査を義務づけてられている。食品安全委員会において「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」に基づき安全性の評価が行われ、大豆、じゃがいも、とうもろこし、ナタネ等76品種の食品及び13品目の食品添加物について安全性審査を経たことが公表されている（07年1月現在）。06年11月、幕張メッセで開催されたコーデックス委員会「バイオテクノロジー応用食品特別部会」では、未承認組み換え食品が混入した食品の安全性評価指針を策定する方向での議論がなされた。安全性評価指針とは、輸出国が承認していて輸入国が未承認の組み換え食品が、輸入品の中に微量に混入した場合の輸入国の策定指針。日本の場合は、未承認の組み換え食品が混入した食品は輸入できない。今回の特別部会では、遺伝子組み換え動物由来食品の安全性評価の実施に関するガイドラインについても、遺伝子組み換え動物の安全性評価、環境への影響、倫理面についての議論がなされた。遺伝子組み換え農作物（GM作物）の在来種との交雑を防ぐための厳重な管理が必要であり、こぼれ落ちによる自主調査は、農林水産省が02年から、環境省が03年から実施し、GMナタネを検出している。全国の消費者団体、生協、農業者団体が参加して毎年行われているGMナタネ調査で、07年は197検体のうち、87検体でGMナタネを検出した。交雑を防ぐため、GM作物の野外栽培を自治体独自で規制する動きが全国的に広がっている。