公益法人制度の改革により、これまでの社団法人、財団法人、中間法人は一般社団法人、一般財団法人となった。公益社団法人、公益財団法人は、別に行政庁が認定する。課税面は非営利法人を(1)公益社団法人、公益財団法人、(2)一般社団法人、一般財団法人のうち、その事業により利益を得ること、またはその得た利益を分配することを目的としない法人、会員から受け入れる会費によりその会員に共通する利益を得るための事業を行う法人、(3)(2)以外の一般社団法人、一般財団法人の3つに分けて規定した。(1)については、これまでの社団法人、財団法人と同様に収益事業から生じた所得についてだけ課税する。収益事業の資産から公益目的事業のために支出した金額は寄附金とみなして、所得金額の2分の1か公益目的事業の実施に係る費用の額から公益目的事業の実施に係る収入の額を控除した金額のいずれか多い金額を限度として損金の額に算入する。税率は株式会社と同様に23.9％（2015年度の税制改正後）。ただし、年800万円以下の部分は15％。16年度の税制改正では、16年4月1日から18年3月31日までの間に開始する事業年度は、上記の「23.9％」を「23.4％」に、同年4月1日以後に開始する事業年度からは、「23.2％」に引き下げる。(2)については、(1)と同様に収益事業から生じた所得についてだけ課税する。ただし、(1)で認められているみなし寄附金の取り扱いは認めない。税率は(1)と同じ。(3)については、株式会社と同様の取り扱いになっている。