消費税は課税売上にかかる消費税から、課税仕入にかかる消費税を控除して求める。この控除を仕入税額控除という。仕入税額控除のポイントは、非課税売上に対応する課税仕入にかかる消費税は控除できないこと。例えば、非課税取引である土地を売却した際に支払う仲介手数料は、課税仕入に当たるが、仕入税額控除をすることは認められない（個別対応方式）。ただし、これまでの規定は、課税売上高と非課税売上高との合計額のうち課税売上高の占める割合（課税売上割合）が95％以上の場合は、課税仕入にかかる消費税の全額の仕入税額控除を認めていた。これに対し、仕入税額控除を原則的な考え方である課税売上割合を掛けた後の課税仕入にかかる消費税とする規定に改正すべきであるとの意見が出されていた。2011年度の税制改正では、その課税期間の課税売上高が5億円（その課税期間が1年に満たない場合には年換算額）を超える事業者は、原則に戻り、非課税売上に対応する課税仕入にかかる消費税は控除できないことにした。12年4月1日以後に開始する課税期間から適用する。