公社債の償還差益については、一定の割引債については発行時に18％（一定のものは16％）の源泉徴収による源泉分離課税で課税関係を終了させている。その他の利付債等については雑所得（総合課税）として課税されていた。2013年度の税制改正で、16年1月1日以後に行う上場株式等に当たる公社債の償還差益については、総合課税に代えて上場株式等の譲渡所得等に係る収入金額として20.315％（所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％）の税率による申告分離課税の対象になった。