年金積立金が、厚生年金会館などの福祉施設等の建設、運営に使われたことが、国民から保険料の流用・無駄遣いとの批判を浴びた。これを受け、政府は施設建設、運営のために保険料を使わないことを決定し、2005年10月に施設整理、譲渡、廃止、売却等を行うため、年金・健康保険福祉施設整理機構を設立した。譲渡により生じた収入は、機構に必要な費用を差し引いて、国民年金、厚生年金、政府管掌健康保険の各制度の財政に充当されることになっている。なお、2010年8月、同機構は、301施設の譲渡が完了した旨を発表。売却合計金額は、2221億円で、出資価格対費はプラス206億円となった。なお、同機構は2014年4月、全国にある約60の社会保険病院等を運営する「独立行政法人地域医療機能推進機構」（JCHO：ジェイコー）に改組される。