従来、厚生年金保険料が給与天引きされていても、事業主から保険料の納付や厚生年金の資格などの届け出がなかった場合、保険料の徴収権が時効消滅となる2年を経過後は、その記録は年金額に反映されなかった。年金記録問題のなか、こうしたケースが多数あるということが確認されたため、 厚生年金特例法に基づき、 救済措置がとられた。具体的には、年金記録確認第三者委員会が、（1）事業主が従業員から厚生年金保険料を給与天引きしながら、（2）社会保険庁に納付したことが明らかでないと認定した場合には、社会保険庁は年金記録訂正を行うことになった。 また、事業主は2年の保険料納付時効後であっても、納付すべきであった保険料（特例納付保険料）を任意で納付することができることとなった。