薬を正しく使用したにもかかわらず副作用による健康被害を受けた方を迅速に救済するための公的制度で、独立行政法人医薬品医療機器総合機構が運営する。医薬品副作用被害救済制度では、入院を必要とする程度の疾病、日常生活が著しく制限される程度以上の障害、死亡等が対象となる。ただし、医薬品の不適正使用による場合、抗がん剤、その他の特殊疾病に使用される医薬品で、厚生労働大臣の指定するもの等による場合は救済給付は対象外となる。給付には医療費・障害年金・遺族年金など7種類ある。本機構は、その他に生物由来製品感染等被害救済制度、スモン被害に対する救済、血液製剤に混入したHIVによる健康被害者などの救済業務も行っている。