病院内で細菌やウイルスなどの病原体にさらされて感染したら、すべて院内感染である。潜伏期間は病原体により異なるが、CDC（アメリカ疾病対策センター）の定義では入院して48時間以上後に発病すれば、院内感染とみなす。感染経路としては接触感染、飛沫感染、空気感染の3種類があり、その対策は感染経路に応じて隔離することである。隔離は個室に入れることではなく、感染源を閉ざすという意味である。つまり接触感染の予防策は感染者が接触する場所を素手で触らないこととか、飛沫感染の場合は患者の半径1メートル以内に入らないことなどである。ただし、空気感染は陽圧の部屋に病原体を移動させないようにするために、陰圧の部屋に患者を配置する必要がある。