原虫である赤痢アメーバ（Entamoeba histolytica）に感染して臓器病変を形成したものをアメーバ赤痢と呼ぶ。通常は粘血便、しぶり腹（テネスムス）、腹痛といった腸管症状を示すが、腸管外に病変を作ることもある。赤痢アメーバのシスト（嚢子）に汚染された飲食物などの経口摂取により感染すると考えられ、多くの先進国では流行していないが、感染率が高い集団（発展途上国への旅行者、知的障害者施設収容者など）が存在する。男性同性愛者にも多く見られることから性感染症（STD）の一つとも考えられている。赤痢アメーバは全世界の人口の10%（約5億人）に感染しているとされてきたが、近年、病原性（E. histolytica）と非病原性（E. dispar）の2種が存在することが明らかとなり、病原種の感染者は約5000万人（人口の1％）程度であった。潜伏期間は2～3週間とされるが、数年におよぶこともある。腸アメーバ症は、下痢、イチゴゼリー状の粘血便、しぶり腹、下腹部痛などの症状を伴う場合（狭義のアメーバ赤痢）と、アメーバ性大腸炎と呼ばれる下痢と腹痛を特徴的とする場合がある。腸外アメーバ症では肝膿瘍が最も多く、発熱、右上腹部痛、肝腫大（肝臓の腫れ）、吐き気、嘔吐、体重減少、倦怠感などを伴う。診断は糞便や組織標本上に赤痢アメーバが観察されること、内視鏡検査、血清抗体価測定などによる。E. histolytica感染者は治療が必要で、第一選択薬としてメトロニダゾールが使用される。ワクチンは存在せず、不衛生なものを経口摂取しないことが予防法となる。