JAXA（宇宙航空研究開発機構）に所属する、日本の宇宙科学研究の中心となっている研究所。1955年に東京大学・生産技術研究所の糸川英夫教授がペンシルロケットの発射実験を開始したことをルーツとして成立した。研究規模拡大に伴い、64年に東京大学・宇宙航空研究所へと発展。70年2月にはL-4Sロケットで日本最初の衛星「おおすみ」の打ち上げに成功した。81年には東京大学から独立して、文部省・宇宙科学研究所となり、85年には日本初の惑星間探査機「さきがけ」「すいせい」の2機を打ち上げ、ハレー彗星の探査を実施した。2001年の中央官庁統合に伴い、文部科学省・宇宙科学研究所（ISAS）と改称。2003年10月には、宇宙三機関統合により、宇宙開発事業団（NASDA）、航空宇宙技術研究所（NAL）と統合されて、JAXA（宇宙航空研究開発機構）が誕生、宇宙科学研究所は四つある本部のうちの一つである宇宙科学研究本部となった。その後、10年4月に、JAXA・宇宙科学研究所と名前を元に戻した。