たんぱく質を構成するアミノ酸配列の順序・数を決定し、遺伝情報を担うもの。たんぱく質はDNA上の4種の塩基であるアデニン（adenine　A）、チミン（thymine　T）、グアニン（guanine　G）、シトシン（cytosine　C）の配列を基にしたアミノ酸から合成されるが、その塩基の配列に遺伝子のもつ情報が暗号化されている。一つのアミノ酸に対応するのはトリプレット（triplet）とよばれる3種類の塩基の並び順で、これを遺伝情報の単位としてコドン（codon）という。アミノ酸によっては複数のコドンが対応するものもある。4種の塩基から作られるコドンは全部で64組あるが、そのうち3組には対応するアミノ酸がなく終結コドン（termination codon）とよばれ、たんぱく質合成終了を指定するものとして重要な役割をもつ。たんぱく質合成開始を指定するコドンはメチオニン（ATG）とバリン（GTG）である。

図「遺伝暗号―塩基配列とアミノ酸配列」