制限酵素は、ウイルスDNAなどの外来のDNAが細胞内に侵入したときに働き、自分のDNAと区別して切断する酵素である。この感染を制限する機構をつかさどるため制限酵素とよばれる。この酵素は特定の配列を認識するため、遺伝子工学の分野で頻繁に利用され、重要な役割を果たしている。なお、命名法は、EcoRI（エコアールワン）の場合、Escherichia coliRI株より分離されたため、株名の頭文字をとって名づけられる。