食品衛生法等の改正(2003年5月30日公布)によりポジティブリスト制度が導入され、06年5月29日から施行された。使用を認める物質についてリスト化するもので、基準の設定されていない農薬等が一定量を超えて残留する食品の販売等を原則禁止する制度である。世界で農薬等として使用されている物質は700種以上あるが、そのうち日本で基準が設定されているのは、約250に過ぎないことに対応した制度。加工食品を含むすべての食品を対象とし、残留農薬等(農薬、動物用医薬品、飼料添加物)で、リストにない物質の一律基準値は0.01 ppmに設定された。