野生生物が共存共生できる生態系を持った場所のこと。本来は、生物が生息する最小空間単位を意味していたが、現在はもっと幅広く野性味のあるワイルドフラワー（wild flower）など、地域の動植物が共生できる生息空間を、保全、造成または復元した場所としてとらえられている。各地の河川敷や湖沼のほか、新宿御苑(東京都)のような庭園や公園などにも作られている。屋上や中庭などをビオトープにしたビオガーデンや、校庭に池や草地を作った学校ビオトープもある。ビオトープにはメダカなどの小魚、チョウやトンボ、夜になると放流したホタルが舞うところも増えてきて、環境教育に活用されている。財団法人日本生態系協会によると、2007年現在ビオトープを設置している幼稚園、小、中、高等学校、大学は、全国で1500校ほどだとされる。