京都市と京都精華大学による共同事業。京都市中央区の小学校跡地に、2006年11月25日にオープンした。国内外のマンガ資料を保存公開しようとするもので、すでにある「現代マンガ図書館」や「大阪国際児童文学館」ほどの蔵書数は持たないが、積極的にマンガ・アニメ関連のイベントを企画運営している。施設は地上3階、地下1階の延べ5010m²。館長は解剖学者の養老孟司。徐々に蔵書を増やし、研究者にも資料を公開していく予定だという。今後はさらに館自体の研究機能の充実が望まれる。日本マンガ学会の事務局も同館内に移されたので、今後どういった連携が図れるかが課題となるだろう。