電子書籍端末（機）（eリーダー）という専用のビューワーで読む電子書籍の基本形式のこと。書籍データの処理・表示形式であり、ファイル形式なども意味する。電子書籍と書籍端末は採用しているフォーマットに依存するため、書籍端末ならどの電子書籍でも閲覧できるわけではない。しかし最近ではデバイスである端末機に互換性を持たせるソフトを介し、フォーマットの枠を超えた汎用性を持たせたり、多様性・汎用性のあるフォーマットを採用するなど、特定の書籍端末に縛られないデバイスフリーを採る傾向になりつつある。電子書籍フォーマットは、開発メーカーや団体によりさまざまな形式が流通しており、主に次のようなものがある。Epub（もしくはePUBあるいはイーパブ）は、アップルのiPadやグーグルブックス、ソニーリーダーが採用するフォーマット。AZWはアマゾンのキンドル（Kindle）用のフォーマットだが、2008年からフォントの埋め込みも可能なTopaz（トパーズ）を採用している。ebi.jはイーブック・イニシアティブ・ジャパンが開発したフォーマットで、通称はeBook。エキスパンドブック（Expanded Book）はボイジャーが開発したもの。XMDF（Mobile Document Format）は、シャープが自社製品のPDA(手のひらサイズの携帯端末機)であるザウルス（Zaurus）用に開発したフォーマットであり、文字のみならず画像や動画、音声再生へのリンク機能もある。出版社側がXMDFファイル形式で電子書籍ソフトを作成すれば、パソコンやPDA、電子辞書など、表示機能が異なるビューワーやデバイスでも、提供者側が意図する通りに閲覧できるというワンソース・マルチユースの長所がある。しかし以上のような多様な電子書籍フォーマットが存在するが、まだ国内には統一されたものはない。10年6月、日本国内の電子書籍市場のあり方について話し合う経済産業省、総務省、文部科学省からなる3省懇談会が開かれ、デバイスフリーで閲覧が可能で、各種のフォーマットからの変換もできる、日本語の中間的フォーマットの策定を盛り込んだワーキングチームの第一次報告案を公表した。