2002年1月、株価の値下がりを防ぎながら、銀行の株式持ち合い解消を進める目的で、大手銀行と地方銀行の出資で設立された認可法人。銀行株式保有制限法に基づく。市場での株式の大量売却は株価の下落圧力となるため、これを緩和させるねらいがあった。2兆円の公的資金枠があり、06年9月末の最終期限までに約1兆6000億円分の買い取りを実施した。08年秋から世界的に広まった金融危機が日本にも波及すると、保有株式の値下がりによる銀行の健全性低下が心配されるようになり、機構の機能に再び注目が集まった。09年3月には、株式買い取りの再開を盛り込んだ改正銀行株式保有制限法が国会で成立したことを受け、機構は同年3月12日から、銀行、企業の保有する持ち合い株式の買い取りを再開した。新たな買い取りは、公的資金枠を20兆円に拡大し、半年以上保有する銀行や一般企業の株式を対象に、12年3月末を最終期限として実施する。ただし、株価の下落局面では売却による損失計上が必要となるため、積極的な活用に疑問の声もある。そのため、改正法成立の際に、上場投資信託（ETF）や社債など対象の拡大などを求める付帯決議が可決されている。なお、日本銀行も、株式下落にともなうリスクの軽減を目的に、09年2月23日から銀行保有株の買い取りを再開している。