整備新幹線の建設費のうち、沿線の地方自治体に配分される負担金。全国新幹線鉄道整備法で整備計画が定められた整備新幹線（北海道新幹線、東北新幹線、北陸新幹線、九州新幹線2ルート）は、旧国鉄が建設した東海道新幹線などの既設新幹線とは異なり、同法施行令によって、国と沿線自治体が2対1の割合で建設費を負担することが決められている。2008年度には総建設費3102億円に対し、自治体の負担金総額は1023億円。ただし、各自治体は負担分の90％を上限に地方債の発行が認められ、元利償還金のうち最大70％は国から交付税の支援を受けることができる。負担金は、建設を担う独立行政法人の鉄道建設・運輸施設整備支援機構が算定し、単年度ごとに各自治体に請求する。09年2月、新潟県の泉田裕彦知事が、建設中の北陸新幹線について求められた負担金の増額分の支払いを拒否すると表明。14年度末までに総額1423億円の負担が予定されていたところ、建設資材の価格高騰などを理由に220億円の増額を求められたもので、他路線の沿線自治体も追随して議論をよんだ。