防衛省が運営している病院。陸上自衛隊、海上自衛隊、航空自衛隊の共同機関として設置されており、自衛隊中央病院と自衛隊地区病院がある。中央病院は東京都世田谷区にあり、地区病院は、札幌、大湊、三沢、仙台、横須賀、岐阜、富士、舞鶴、阪神、呉、福岡、佐世保、熊本、別府、那覇にある。基本的に診療の対象は自衛隊員や家族らに限られているが、自衛隊法施行令第46条には「防衛大臣の定めるところにより、これらの者以外の者の診療を行うことができる」と規定されている。すでに一般患者を受け入れているところもあるが、最近、地方の医師不足が深刻な問題となっていることから、政府は自衛隊病院の一般開放の拡大や、自衛隊医官の民間病院への派遣を検討するなど、地域医療の支援対策に取り組み始めている。