都道府県や市町村など、地方自治体が設置主体の公立病院。2006年度の自治体病院数は全国968施設で、全病院の約1割を占める。離島やへき地医療、災害、救急、小児医療など、不採算部門を積極的に担うことが期待されており、過疎地では自治体病院が地域医療の中核を担っている場合が多い。このため、全自治体病院の約7割は赤字経営であり、05年度時点の累積赤字は約1兆8000億円、一般会計からの繰出金による赤字補填は地方財政を圧迫している。したがって、自治体の早期財政健全化を求める「地方自治体財政健全化法」が成立した現在、自治体病院の経営改善は急務である。総務省の公立病院改革懇談会は07年11月、「公立病院改革ガイドライン（案）」を提示、今後も地域医療を安定的かつ継続的に提供すべく、数値目標を設定した経営の効率化や、施設の統廃合を含めた再編・ネットワーク化、経営形態の見直しなどを求めている。