文化財保護法により、国や自治体が指定する文化財のうち、日本において学術的価値の高い動物、植物、地質・鉱物、天然保護区域を「天然記念物」といい、なかでも特に重要なものを「特別天然記念物」という。2008年4月1日現在で、天然記念物は982、うち特別天然記念物は75が指定されている。例えば、特別天然記念物に指定されている動物は、次の21種類がある。タンチョウ、カモシカ、アホウドリ、メグロ、トキ、ライチョウ、オオサンショウウオ、コウノトリ、カワウソ、土佐のオナガドリ、アマミノクロウサギ、ノグチゲラ、カンムリワシ、イリオモテヤマネコ、小湊のハクチョウおよびその渡来地、鯛の浦のタイとその生息地、ホタルイカ群遊海面、長岡のゲンジボタルおよびその発生地、八代のツルおよびその渡来地、高知市のミカドアゲハおよびその生息地、鹿児島県のツルおよびその渡来地。なお、天然記念物は、対象の生息地や自生地なども含んでいる。