合併症妊娠や胎児異常など、リスクの高い妊娠・出産に対応できる設備と体制を備えている、都道府県知事の指定を受けた医療施設。妊娠22週から生後7日未満の母体、胎児、新生児を対象とする周産期医療に対応するため、産科と小児科の機能をあわせ持つ点が特徴。不足が懸念される産科医の効率的な配置を目的に、1996年に厚生省（当時）が各都道府県に1カ所以上の設置を求め、2008年10月時点で45都道府県に75施設がある。指定を受けた医療施設には、国や都道府県から補助金が交付される。原則として、母体用6床以上、新生児用9床以上の集中治療室の設置、緊急帝王切開等にも対応できる態勢として、常時2人以上の医師を配置することが望ましい、とする厚生労働省の指針があるが、指定の要件とは異なる。同センターの役割を補完する地域周産期母子医療センターや、地域の産院と連携して、周産期医療のネットワークを形成するが、08年10月には、東京都立の指定病院が、妊婦の緊急搬送を速やかに受け入れず、その後妊婦が死亡したことが判明。センターの機能が果たされなかったとして、厚労省が都道府県に対して、診療体制の改善を求める通知を行った。