武家が罪を犯したときに命じられる刑罰だが、理念的には自ら責任を取って死んだことになり、家督相続などを認められることが多かった。旗本の場合、罪を犯したことが明らかになると、老中から封書御尋（ふうしょおたずね）という文書が来る。これを見て自宅で切腹すれば、罪はなかったものとされた。もし、知らぬことと返答すると、揚屋（あがりや。畳敷きの牢屋）に入れられ、服毒自殺を強要された。諸藩の藩士などの陪臣が江戸で殺人を犯すと、町奉行が裁き、藩に引き渡す。そのとき、斬首などを命じることがあるが、藩が切腹に処したいと願えば、許された。