幕府の主権者で、形式的には朝廷から任命される。正確には征夷大将軍（せいいたいしょうぐん）で、正二位に叙され、内大臣（ないだいじん）、源氏長者（げんじのちょうじゃ）、淳和院別当（じゅんないんべっとう）、奨学院別当（しょうがくいんべっとう）、右馬寮御監（うめりょうぎょかん）などにも任じられる。将軍を決めるのは幕府だったが、朝廷内では陣儀（じんのぎ）と呼ばれる儀式を行って将軍宣下（せんげ）を行い、勅使（ちょくし）を派遣してそれを伝えた。幕府でも、新将軍を上様（うえさま）と称し、将軍宣下ののちに公方様（くぼうさま）と称したから、それなりに朝廷の手続きを尊重していたと見ることもできる。宗家の血統が絶えたときは、御三家や御三卿（「卿」は異体字）から相続する。跡継ぎを選ぶのは現将軍であるが、それが行えなかった7代・家継の死後、8代目は6代将軍正室の天英院（てんえいいん）の意思が決め手になった。15代・慶喜は、家茂の死後、宗家相続を要請され、宗家は相続するが、将軍位には就かないと返答している。この時期には、宗家を相続しても、将軍とならない選択肢もありうると考えていたことがわかるが、結局は将軍位にも就いたから、両者は不即不離の関係にあったともいえる。