幕府直轄地の行政官で、民政・徴税・裁判などを担当する。勘定奉行支配で、おおむね5万石程度の幕領を支配する。関東・美濃・飛騨・西国筋（九州）の4カ所は、支配領域が広大であるため、郡代（ぐんだい）と呼ばれた。郡代は、関東は伊奈氏の世襲で役高3960石と別格だが、他は役高400俵、布衣役だった。代官は役高150俵だが、1万石につき120両から150両ほどの役料が与えられた。これは行政経費に充当された。江戸幕府前期は、大半が世襲の代官で、全国に70～80人もいたが、徴税の不正行為で処罰される者も多かった。そのため、次第に御勘定などの勘定所系役人が代官に起用されるようになり、人数も中期以降は40人ほどになった。任地には陣屋（じんや。代官所のこと）があり、代官は御家人から選んだ手付（てつき）を連れて赴任し、有力農民や町人を手代（てだい）に登用して、領地の支配にあたった。手代の中には能力が認められ、手付になり、勘定所の役人に昇進する者もあった。