江戸時代には、ヨーロッパやアメリカの黒く塗られた船をいった。安土桃山時代（1568～1603）に来航したポルトガル軍船は、木造だった船体の腐食を防ぐため、黒いタールが塗られていたので、日本ではヨーロッパの大型船を黒船というようになった。ポルトガル人を追放したのち、正保4年（1647）に国交回復を願うポルトガルの軍船2隻が長崎に来貢したとき、幕府は緊張し、西国大名に多くの軍船を出させ、長崎湾を封鎖するなどの軍事行動を行った。この「正保4年黒船来航」は長く記憶にとどめられ、各種の絵図が残されている。嘉永6年（1853）には、アメリカ使節・マシュー・ペリー（Matthew Calbraith Perry）の艦隊4隻が、浦賀に来航。翌年には、7隻で江戸に姿を現した。ペリー艦隊は、やはり船体が黒く塗られていたため、「黒船」と呼ばれた。江戸の庶民は、巨大な黒船が煙を吐いて航行する光景を見て驚き、恐れた。これ以後、「黒船来航」といえば、ペリー艦隊来航のことになった。なお、最初に来航した艦隊のうち、蒸気船はペリーの旗艦「サスケハナ号（USS Susquehanna）」など２隻で、他は帆船だった。また、蒸気船も、普通に航行するときは、帆走することの方が多かった。