幕府によって開設された、西洋医学の教育機関。前身は、安政5年（1858）、神田お玉ケ池に作られた種痘所（しゅとうしょ）、すなわち当時流行していた天然痘の治療や予防を目的として、江戸の蘭方医たちが設立した医療集会所である。万延元年（1860）、幕府直轄とされ、種痘のほか蘭方医学の教育も行うようになった。文久元年（1861）には、西洋医学所と改称され、種痘・解剖・教育の三科をもつ医学教育機関となり、のちに、単に医学所と改められた。文久2年（1862）には、大坂から蘭学の私塾・適塾（てきじゅく）の緒方洪庵（おがたこうあん）が招かれて頭取となり、諸規則の整備を行った。洪庵の死後は、のちに土方歳三とともに新撰組が幕を閉じた函館の五稜郭（ごりょうかく）に立て籠もることになる松本良順（まつもとりょうじゅん）が後任となった。維新後は新政府に引き渡され、のちの東京大学医学部に発展した。