政府の経済財政改革で、革新的な技術開発を速やかに実現すべく創設された事業。従来の特区が行政区域単位だったのに対し、同じテーマに取り組む企業や研究機関のグループを単位とする。その第一弾として、2008年11月18日に、政府の健康研究推進会議が、143件の応募の中から先端医療開発特区（スーパー特区）24件を選定。京都大学教授の山中伸弥らによるiPS細胞（人工多能性幹細胞）の医療応用加速化プロジェクトなどが含まれている。これらの研究には、2008年度から5年間、特許の優先審査などの特例措置が講じられる。