国が直接行っていた事業の中から、業務の質の向上と効率的な運営を目的として分離独立された法人。1999年に成立した独立行政法人通則法と独立行政法人個別法に基づく。対象となる事業は、公共性は高いが国が直接実施する必要がなく、民間では実施されない恐れのあるものとされ、主務大臣が定めた3～5年の中期目標達成のために事業計画を自主的に立案し、業務を行う。また、法人の独立性を保つため、主務大臣の関与は制限され、主務官庁から受け取る運営交付金の使い道も独自の裁量に任されている。業務実績については外部有識者による評価委員会が個別に評価した上で、総務省の評価委員会が横断的に事後実績を評価。中期目標期間終了後に、主務大臣が廃止・民営化を含めた業務や組織の定期的な見直しを行うことが定められている。2001年4月から国立公文書館など57法人が発足。03年4月から財務省の造幣局と印刷局、04年度から国立病院機構も独立行政法人となり、国立大学も同年度、国立大学法人法によって独法化された。2013年10月現在、100法人。