高度先端医療の提供や研究などを行うとして厚生労働大臣が認定した病院。機能や特徴に応じて医療機関が役割分担することを目的に、1993年に施行された改正医療法によって区分が定められた。高度医療の提供や、開発、研修などを行う能力を有することをはじめ、ベッド400床以上、10以上の診療科を備えることなどが認定の条件となる。認定を受けると、診療報酬の優遇などを受けることができる。高度医療が必要ではない患者が集中して、必要な患者の治療に支障が出ることを防ぐため、一般の病院、診療所からの紹介による受診が原則。患者紹介率は30％以上であることと定められている。2015年4月時点で、大学病院の本院を中心に、国立がん研究センター中央病院、国立循環器病研究センター、大阪府立成人病センターなど、全国で86の医療機関が認定されている。なお、15年4月30日、厚生労働省は、患者が死亡する医療事故が起きた東京女子医科大学病院（東京都新宿区）と群馬大学医学部附属病院（群馬県前橋市）について、承認を取り消す方針を発表した。正式決定は5月中の見込み。承認の取り消しは今回を含めて計4例目。