民主党、社民党、国民新党による3党連立政権（当時）が、行政の無駄を洗い出すという目的で2009年9月に内閣府に設けた組織。すべての予算の洗い出しや、独立行政法人などの天下り機関の見直しをすることになっている。発足時の議長は鳩山由紀夫首相であり、副議長は仙石由人行政刷新担当相（いずれも当時）。その下で、総括役の枝野幸男衆議院議員と事業仕分けを行う三つのワーキンググループが設けられ、事業仕分け人には、衆参両院の議員だけでなく、役所のOBや学識経験者、地方政府の首長経験者などが任命された。09年11月9日の行政刷新会議の会合で仕分け対象が決定され、11月中に2回にわたって事業仕分けを実施。その結果は12月の行政刷新会議の会合で報告され、了承された。