遺伝子組み換え動植物が在来種との交配などを通して、生態系に悪影響を及ぼすのを防ぐことを目的として、遺伝子組み換え動植物を取引する際のルールを取り決めたもの（→「遺伝子組み換え作物）。2000年1月、カナダのモントリオールで開催された生物多様性条約特別締約国会議において採択された。内容は、（1）遺伝子組み換え動植物を取り扱う輸出業者に対して生態系への影響などリスク評価を義務付ける、（2）輸出業者は安全性に関する情報を事前に輸入国政府に通知して同意を得る、（3）食品、飼料、加工用品種は輸出国が安全性に関する情報を各国に周知し、輸入国は個別に審査できる、など。議定書の発効は50カ国・地域が批准してから90日後で、03年9月発効した。日本は、03年6月、議定書締結の前提となる国内法である遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律を成立させ、同年11月議定書を批准した。これは遺伝子改変動植物の取引を規制する日本で初めての国際協定。