国連海洋法条約による200カイリ体制という新たな国際的枠組みに合致するよう、日本の水産政策を再構築するために、1999年12月に策定された指針。これまで日本の水産行政は、63年制定の沿岸漁業等振興法に沿って進められてきたが、日本の国連海洋法条約批准（98年）にともない、抜本的な見直しを迫られていた。水産資源の適切な管理・持続的利用を基本とし、漁業のみならず加工・流通など関連産業も含めた水産業全体の発展を図るという理念の下、（1）資源回復計画の策定・実施、（2）漁業管理制度の見直し、（3）担い手の確保・経営安定化支援、（4）流通・加工業の強化、消費者対策の充実、（5）地域活性化、などの施策を具体化することを掲げている。また、根拠法として水産基本法が2001年6月に成立した。