食品安全基本法に基づき、2003年7月1日、内閣府に創設。委員7人で構成（3人は非常勤）、内閣総理大臣が両議院の同意を得て有識者から任命（任期3年）。公募を含む約200人の専門委員が専門調査会を構成。所掌事務は、(1)食品健康影響評価の実施（リスク評価）、(2)食品健康影響評価の結果に基づく関係大臣への勧告、(3)食品健康影響評価の結果に基づく施策の実施状況の監視と関係大臣への勧告、(4)関係行政機関の長への意見（緊急時等）、(5)調査研究の実施、(6)関係者相互間の取り組みの調整（リスクコミュニケーション）など。