国家公務員法82条によると「この法律又はこの法律に基づく命令に違反した場合、職務上の義務に違反し、又は職務を怠った場合、国民全体の奉仕者たるにふさわしくない非行のあった場合」のいずれかに該当するとき、所管大臣が懲戒処分できることになっている。懲戒処分には、免職（職務剥奪）、停職（1年未満の期間職務に従事させず給与の停止）、減給（1カ月～1年未満の給与を20％以内でカット）、戒告（普通昇給延期、1年間特別昇給対象から除外）の4種類がある。監督下の企業などから金品を受け取る収賄など信用失墜行為、信用失墜行為をした部下への監督不行届き、遅刻・欠勤などが適用事例。国家公務員法による懲戒処分は総務省所管の人事記録に記載される。このほかに、各府省は内規や慣例によって独自の判断で訓告や厳重注意などの処分を行っている。この処分は、省内の個人ファイルには記録されるが、総務省所管の人事記録には記載されないし、減給などの罰則がない。ただし、これに付随して更迭が行われることがある。