第27次地方制度調査会答申に基づいて新合併特例法（5条の8）で創設された制度。市町村合併に伴う措置として、旧町村を単位に法人格をもった区を設置することができる。期間は合併から5年間で、地域施設の管理、地域振興イベント、コミュニティーバスの運行など、地域が処理することが特に必要な事務を行う。規約で定める方法により選出される委員で特例区協議会を構成する。2005年3月22日に合併した岡山市が、編入した御津町などに合併特例区を全国で初めて設置。12年1月末現在、以下の合併特例区がある。熊本市－富合町（13年10月5日まで）、植木町－城南町（15年3月22日まで）、宮崎市－清武町（16年3月22日まで）。