地域を限定して規制を緩和するほか、税制上、財政上、金融上の支援措置がとられるなど、総合的な支援を行う制度。2011年6月に成立した「総合特例区域法」で規定された。国際戦略総合特区および地域活性化総合特区の2種で提案を受け付けている。小泉内閣時代の02年に成立した従前の構造改革特区は、規制緩和に特化していたのに対し、より総合的な支援に拡大した。総合特区への指定に関しては、実現可能性の高い区域に国と地域の政策資源を集中することを基本として、地域を限定した「選択と集中」を旨としている。この点で総合特区は、従来の構造特区に、沖縄限定で進められてきた経済特区制度（自由貿易、税制上、金融上の軽減措置）を付加した仕組みといえる。